Contrôle fiscal et facture électronique : ce que votre TPE doit savoir

La réforme de la facture électronique fera sa grande entrée en vigueur dans la fiscalité des entreprises en France dès le 1er septembre 2026, et avec elle, de nouvelles modalités pour le contrôle fiscal. Pour les TPE, cette transition représente à la fois une opportunité de modernisation et un défi de conformité. Un contrôle par l’Administration fiscale peut survenir à tout moment, et il est essentiel d’être bien préparé pour éviter les mauvaises surprises.

Cet article vous guide à travers les nouvelles exigences légales liées à la facturation électronique, ce que l’administration fiscale vérifie lors d’un contrôle, les risques en cas de non-conformité, et les bonnes pratiques pour aborder cette transition sereinement avec les bons outils.

La transition vers la facture électronique est encadrée par une série de textes légaux visant à moderniser les échanges commerciaux, simplifier les obligations déclaratives et, surtout, lutter contre la fraude à la TVA.

La réforme s’appuie principalement sur l’article 26 de la loi de finances rectificative pour 2022, qui a modifié le Code Général des Impôts (CGI) pour instaurer l’obligation de facturation électronique. Instaurée par le gouvernement, cette loi définit les principes fondamentaux de la réforme, notamment les formats de facture autorisés et le recours obligatoire à des plateformes de transmission (plateformes agréées et portail public de facturation).

Suite à un report initial, la mise en œuvre a été décalée pour permettre aux entreprises et aux éditeurs de solutions de se préparer. La réforme est actuellement prévue entre 2026 et 2027.

Le déploiement se fera de manière progressive en France pour permettre une transition en douceur. Voici les échéances à retenir :

1er septembre 2026 :

• Toutes les entreprises assujetties à la TVA, quelle que soit leur taille, devront être en capacité de recevoir des factures électroniques.
• Les grandes entreprises et les Entreprises de Taille Intermédiaire (ETI) auront l’obligation d’émettre leurs factures au format électronique (e-invoicing) et de générer leur e-reporting.

1er septembre 2027 :

• L’obligation d’émission et de e-reporting sera étendue aux Petites et Moyennes Entreprises (PME) et aux micro-entreprises.

Même si l’échéance de 2027 peut sembler lointaine pour une TPE, il est impératif d’anticiper dès maintenant. En effet, même les plus petites entreprises devront effectuer les premières démarches pour pouvoir recevoir des factures électroniques dès le 1er septembre 2026.

Avec la dématérialisation des factures, les contrôles fiscaux évoluent en France. Les agents ne se contenteront plus de vérifier des documents papier, mais examineront l’ensemble du processus de facturation numérique.

La validité d’une facture électronique repose sur trois piliers que l’administration vérifiera rigoureusement à chaque contrôle :

1. L’authenticité de l’origine : il doit être possible d’identifier de manière certaine l’émetteur de la facture.
2. L’intégrité du contenu : la facture ne doit pas avoir été modifiée après son émission.
3. La lisibilité : la facture doit être facilement lisible et compréhensible par un humain, du moment de son émission jusqu’à la fin de sa période de conservation.

Les factures électroniques doivent comporter les mêmes mentions obligatoires que les factures papier, auxquelles s’ajoutent de nouvelles informations exigées par la réforme. Parmi elles, on trouve :

• Le numéro SIREN du client.
• L’adresse de livraison des biens si elle est différente de l’adresse du client.
• La catégorie de l’opération (livraison de biens, prestation de services, ou mixte).
• L’option pour le paiement de la TVA d’après les débits, le cas échéant.

L’administration fiscale n’accepte pas n’importe quel format. Un simple PDF envoyé par email ne sera pas considéré comme une facture électronique conforme. Les formats autorisés sont des formats structurés ou hybrides, tels que :

• Factur-X (format mixte combinant un fichier PDF lisible et un fichier de données XML).
• UBL (Universal Business Language).
• CII (Cross Industry Invoice).

La transmission de ces factures devra obligatoirement passer par des plateformes certifiées, aussi appelées Plateforme Agréées (anciennement Plateforme de Dématérialisation Partenaire/PDP) immatriculée par l’État.

Comme pour des factures papier, les factures électroniques doivent être conservées pendant la durée légale de 10 ans dans leur format original. L’autorité fiscale vérifiera que vos processus et système d’archivage garantissent leur intégrité et leur accessibilité durant toute cette période. La piste d’audit fiable (PAF), qui documente l’ensemble du processus de facturation, reste un élément clé pour prouver la validité de vos factures.

Ne pas respecter les nouvelles règles de facturation électronique expose votre entreprise à des sanctions financières, mais aussi à des risques opérationnels et de réputation.

En cas de manquement, les sanctions prévues par la loi sont claires :

• Une amende de 50€ par facture non émise au format électronique.
• Une amende de 500€ en absence de désignation d’une plateforme agréée pour la réception des factures, majorée à 1000€ et reconductible tous les 3 mois faute de régularisation.
• Une amende de 500€ également pour non-respect des obligations de e-reporting (transmission des données de transaction), plafonnées à 15 000€ par an.
• Le rejet de la déductibilité de la TVA sur les factures non conformes reçues.
• Des redressements fiscaux si les erreurs ou omissions sont jugées significatives.

Au-delà des sanctions fiscales, une non-conformité peut nuire à vos relations commerciales :

• Rejet de la facture par le client : si votre facture n’est pas au bon format, votre client sera en droit de la refuser, car il ne pourra pas la traiter dans son propre système de facturation électronique.
• Retards de paiement : un rejet de facture entraîne inévitablement des délais de traitement supplémentaires et donc des retards dans le règlement, ce qui peut impacter votre trésorerie.

Une entreprise qui ne respecte pas ses obligations légales peut voir sa crédibilité entamée auprès de ses clients, fournisseurs et partenaires financiers. Cela peut également compliquer d’éventuels audits internes ou externes et freiner vos projets de développement.

Anticiper la réforme est la meilleure stratégie pour vous éviter toute difficulté dans les prochains mois. En adoptant les bons outils et les bonnes pratiques dès aujourd’hui, vous assurerez une transition sereine et sécurisée.

Assurez-vous que toutes les informations légales (les vôtres et celles de vos clients) sont correctement renseignées dans votre logiciel de facturation. Vérifiez les fiches clients, les mentions obligatoires sur vos modèles de facture et configurez les formats de factures conformes.

Toutes les entreprises devront être enregistrées dans l’annuaire du PPF, mis à disposition et orchestré par le gouvernement, pour pouvoir être identifiées par leurs partenaires commerciaux. Cette inscription permettra d’acheminer correctement les factures. Votre logiciel de gestion ou votre expert-comptable pourra vous accompagner dans cette démarche.

Pour la transmission de vos factures et de vos données de e-reporting, vous devrez utiliser obligatoirement une plateforme agréée (ex-PDP). Les PA, comme celle de Cegid intégrée aux solutions EBP, offrent souvent des services à valeur ajoutée (suivi des paiements, archivage sécurisé, etc.). Le choix de votre plateforme est donc une décision à ne pas prendre à la légère.

N’attendez pas un contrôle fiscal pour vérifier votre conformité. Instaurez des routines de contrôle :

• Auditez régulièrement un échantillon de vos factures pour vérifier les mentions et le format.
• Mettez en place un archivage électronique sécurisé qui garantit l’intégrité et l’accessibilité de vos documents.
• Relevez et corrigez immédiatement les anomalies pour éviter qu’elles ne se reproduisent.

Le passage à la facture électronique et l’évolution des contrôles fiscaux ne sont pas une contrainte, mais bien une étape vers une gestion plus moderne et efficace. En vous équipant d’une solution de gestion adaptée et en suivant les bonnes pratiques, vous transformez cette obligation en une opportunité de renforcer l’efficacité et la fiabilité de votre entreprise.

Ne subissez pas la réforme, anticipez-la ! Préparez-vous en testant dès aujourd’hui un logiciel de facturation EBP conforme et abordez l’avenir de la facturation en toute confiance.

La facturation électronique consiste à émettre, transmettre et recevoir des factures sous un format numérique structuré, garantissant leur authenticité, intégrité et lisibilité. Elle remplace les factures papier et factures dématérialisées traditionnelles, simplifie les échanges, allège la charge administrative des entreprises et améliore la traçabilité des transactions.

La facturation électronique concerne toutes les entreprises assujetties à la TVA en France. La réforme s’applique progressivement selon la taille des entreprises, avec l’objectif de généraliser son usage d’ici à 2027. Les fournisseurs, clients et plateformes partenaires doivent tous se conformer aux nouvelles obligations.

Pour créer une facture électronique, il est nécessaire d’utiliser un logiciel de facturation conforme aux normes en vigueur. Ce logiciel doit permettre de créer des factures dans un format structuré (comme Factur-X) et assurer leur transmission via une plateforme agréée (anciennement PDP).

La mise en place d’une piste d’audit fiable (PAF) nécessite de documenter l’ensemble des étapes du processus de facturation, depuis l’émission jusqu’à la conservation des factures. Cela inclut la création de méthodes claires, l’utilisation d’outils adaptés, et le contrôle périodique des procédures pour garantir la cohérence, la traçabilité et l’intégrité de chaque transaction.